一、我国农村金融体系发展经历了三个阶段
可以将1999年至今的农村金融发展划分为三个阶段。先是“填空”式地自上而下建立或恢复了农村金融机构——农业银行、农村信用合作社。随后，农业发展银行和农业银行分别承担起了粮食和农副产品收购、扶贫、农业综合开发、粮棉加工、农村小型基础设施建设、技术改造贷款等金融职能。接着，推动农信社进行以市场化为导向的改革，并发展了一批新型农村金融机构和组织。农村金融的发展倒逼农村金融政策体系及一系列结构性财税、金融和监管政策得以逐步成型，初步形成了合作金融、商业金融、政策性金融并存的农村金融机构体系。
（一）第一阶段：单一银行体系（1949—1978）
新中国最早的农村正规金融组织可以追溯到20世纪50年代的农村信用合作社。在中央集权的计划经济时期（1978年以前），国家负责一切资源的分配，信贷也不例外。政府是几乎所有工商企业的所有者，企业的一切投资决定都出自国家计划部门，经济领域不存在真正意义上的市场。与之相适应的是，银行体系采用的也是高度集权的体制。
就农村金融领域而言，当时的中国人民银行作为财政部领导下的金融主管机构和唯一经营者，建立了遍布全国农村的存贷款业务网点。人民银行的农业部，从省到乡镇一级政府机构，都设有分部。与此同时，建立于20世纪50年代的专门为农户生产提供信贷服务的农村信用合作社，与人民银行的农业部及其分部一起，构成了农村金融组织体系。当时的农村信用合作社有10多万家，几乎遍布每一个乡镇。到20世纪50年代后期，人民银行接管了农村信用合作社，之后直至整个60年代以及70年代的人民公社时期，农村信用合作社都是农村地区信贷、储蓄计划的执行机构。
正如经济领域的其他机构一样，农村地区的两家金融机构之间不仅毫无竞争，而且更像是出纳和会计的关系。在计划经济体制下，工业体系不需要商业化取向的金融机构为其提供服务，农村金融机构的任务也就是为农业生产提供必需的信贷资金，使农业能够为资本集约型的工业发展源源不断地输送廉价粮食和原材料。
（二）第二阶段：农村金融机构体系逐步完善（1979—2002）
20世纪70年代末，我国开始实行经济体制改革。这场始发于农村的改革，通过实行土地承包责任制和提高农产品价格，大大激发了农民的生产积极性。不久，农村工业领域也开始实行改革，大批商品的生产经营权放开，乡镇企业由此广泛兴起。商品市场的初步放开，使短缺经济下消费者被长期压抑的消费需求释放出来，乡镇企业恰好适应了这种需求，得到迅速蓬勃发展。农业产量的大幅度提高，农村工业化的兴起，使改革初期农民收入大幅度增长。1978—1984年，农村居民人均收入年增长率达到73.2%。(1)同一时期，农村工业部门的生产值增长1 188.1%，大大高于同期全国工业生产总值227.8%的增长率，农村工业生产值占工业生产总值的比重也从1980年的13%上升到1990年的40%。(2)进入20世纪90年代，县及县以下的乡镇企业和国有企业普遍进行了改制，私营中小企业蓬勃发展。到2000年，国有企业的产出占比已降至30%以下，农村劳动力市场及其他要素市场已基本实现了自由化。信息技术的发展使金融监管更加有效，法治环境有所改善，履约约束力大大增强。
1993年11月，中国共产党十四届三中全会明确提出了我国金融体制改革的总体目标。同年12月，国务院颁发了《关于金融体制改革的决定》，我国农村金融体系进行了一系列的改革。这些改革措施在保持农村金融体系稳定、改善服务、防范风险等方面做了不少探索，并取得了一定的效果。农村金融格局也发生了较大的变化，初步形成了以合作金融为基础，商业性金融、政策性金融分工协作的农村金融体系。
一是恢复设立中国农业银行。金融体制改革中，首先从中国人民银行中拆分和组建了四大国有专业银行。人民银行在计划经济时期是金融领域唯一的融资主体，由此承担了过多职能，一旦经济放开，就难以胜任其复杂的职能。而在农村领域，单一的银行制度也根本无法为蓬勃发展的非国有企业提供融资。农业银行及其分支机构作为农村地区的唯一国有金融机构负责向农业生产提供信贷，统一管理支农资金，领导农信社，其他专业银行不得在农村地区开展业务，以防止与农业银行形成竞争。农业银行集财政性拨款管理、商业性信贷业务和合作制金融组织管理于一身，占据了农村金融体系的核心地位。农业银行及农信社在政策性业务外出现资金闲置，于是开始发展商业性信贷业务。尽管信贷总规模和期限结构仍被严格控制，但信贷投向性质却发生了很大变化。自1980年至1994年，农业银行和农信社投向农村工业的贷款增长了12倍，远高于其他投向的贷款增长速度，农村工业贷款的占比也从13.8%提高到了33.2%。
二是恢复农信社的合作金融组织地位。1979年，农信社的管理权由人民银行划归农业银行，但两者间的关系在各地、各个时期又有所不同。有的地区农信社与农业银行合二为一；有的地区位于乡镇的农信社与当地农业银行分支机构相互独立，但由同一个农业银行县级支行管理。1983年开始，农信社自发地在县一级组建联社，目的是增强农信社系统的独立性，但仍是农业银行县级支行的一个部门。在很多地区，农业银行和农信社是两块牌子，一套班子。尽管国务院在1984年提出把农信社办成“自主经营、自负盈亏”的群众性合作金融组织，这种特殊关系使农信社带上了“官办”色彩，然而并没有真正实现合作制，农村金融在商业化过程中，仍然缺乏有效竞争。截至1995年底，共有独立核算农信社5万个，贷款额占整个农业生产贷款的60%以上，是名副其实的农村金融主力军。1996年，按照《国务院关于农村金融体制改革的决定》，农信社与农业银行脱离行政隶属关系，业务管理和金融监管工作分别由县联社和中国人民银行承担，按照自愿入股、民主管理和主要为入股社员服务的原则推进合作制改革，但成效并不明显，农信社历史包袱沉重、资产质量差、潜在风险大，服务方式、服务手段远远不能适应农村经济发展的需要。2000年至2002年是农信社“法人与组织体系试点”阶段，江苏在明晰产权、完善经营机制、以县为单位统一法人、组建省联社和农村商业银行等方面进行了探索。伴随国有金融机构在农村收缩，以及农村合作基金会的全部撤并，客观上赋予农信社独立支撑农村金融的职能，农信社自身能力与所负责任不相称的矛盾第一次暴露出来。
三是组建邮政储蓄机构。1986年，国务院批准邮政部门恢复办理储蓄业务，并在邮电系统内设置了邮政储汇局，对邮政储蓄、汇兑等金融业务进行管理。起初，是邮政部门代理人民银行经办储蓄，存款全部缴存人民银行，人民银行按月支付0.22%的代办费用。1990年后，邮政储蓄改为自办，但吸收的存款仍然全部转存人民银行，人民银行向其支付较高的转存利率。在20世纪80年代和90年代初国内通货膨胀较高时期，邮政储蓄在吸收社会资金、回笼货币方面，发挥了积极作用。在农村地区，邮政储蓄在储蓄和汇兑等方面发挥了很大作用。
四是体制外的农村金融组织形式出现，由于缺乏适宜的监管理念和手段，很快被清理整顿。随着家庭联产承包责任制的发展，在清理农村基层财物的过程中，农村合作基金会于1984年兴起，资金来源以集体资金为主，贷款对象主要是本乡和村内的农民。到1992年末，全国37%的乡镇和15%的村都建立了不同类型的农村合作基金会。针对农村合作基金会日益增加的风险隐患，1999年，中央决定在全国范围内撤销农村合作基金会，并对其进行清算。
五是组建农业发展银行，实现政策性业务与商业性业务的分离。生产水平的大幅提高使原来纯粹是政策性的金融业务有了商业化经营的土壤。中国农业发展银行承担了国家粮棉油储备和农副产品合同收购、农业开发等政策性贷款业务。农业银行向农业发展银行划转了1 860.84亿元的政策性贷款，初步实现了政策性业务与商业性业务的分离。在农业发展银行机构设置尚未到位之前，为确保政策性业务正常开展，建设银行和农业银行于1994年7月1日起，分别代理了大中型农林牧水利基本建设、技术改造贷款和其他农业发展银行业务。
六是在治理整顿中继续推进改革。20世纪90年代初期以来，农村金融改革发展中出现了风险问题，国家加大了风险处置力度，规范整顿农村金融秩序，主要体现在“收缩”“取缔”两个方面。按1997年中央金融工作会议要求，“各国有商业银行收缩县（及以下）机构”。1998—1999年，为适应粮食流通体制改革的需要，国务院将农业发展银行业务缩小为粮棉油收购贷款，原承担的农业综合开发、扶贫、粮棉油收购等专项贷款和人民银行自营的贷款划归农业银行管理。按照中央要求，打击取缔了农村合作基金会等各种非正规金融活动。
（三）第三阶段：农村金融政策体系逐步建立（2003年至今）
在江苏改革试点基础上，2002年全国金融工作会议确定的农信社改革基本思路有五条：在组织模式上不搞一刀切，条件允许的地方可以实行商业化，不搞全国纵向条条管理，坚持小额信用贷款，省政府参与风险化解。上述总体思路是符合客观实际的，但在具体操作上还必须解决好三重道德风险：一是农信社没有破产风险，在“支农”名义下经营亏损；二是利用解决“历史包袱”，地方政府和农信社向中央政府漫天要价，又不能解决根本性的体制问题；三是利用政策性业务和商业性业务的交叉，以“支农”名义向人民银行要资金。2003年8月，在农村乡镇企业和国有中小企业改制经验的启示下，启动了农信社改革试点工作，允许私人参股农信社以重构其股权结构。2003年，国发15号文《国务院关于印发深化农村信用社改革试点方案的通知》确定农村信用社改革方案，按照“国家宏观调控、加强监管，省级政府依法管理、落实责任，信用社自我约束、自担风险”原则，改革试点工作首先在全国八省开展。改革主要举措有：将农信社交由省政府管理，人民银行通过央行专项票据和发放专项再贷款支持农信社改革，财税部门提供1994—1997年保值补贴和税收减免。2004年8月，国务院决定，将深化农信社改革试点扩大到北京、天津等21个省（区、市）。2006年末，海南省农信社试点工作正式启动，标志着农信社改革在全国范围内全面推开（西藏没有农信社，除外）。
为了配套推进改革，各地在这一阶段推进的改革措施还包括：扩大农业发展银行业务范围，2004年后相继开展了农业小企业贷款、农业科技贷款、农业基础设施建设贷款等新业务。
启动邮政储蓄改革。自2003年8月1日起，人民银行改革邮政储蓄转存款计息办法，邮政储蓄新增存款转存人民银行的部分，按照金融机构准备金存款利率计息（年利率为1.8%），此前的邮政储蓄转存款暂按原转存款利息计息（年利率为4.131%）。同时，允许邮政储蓄新增存款由邮政储蓄机构在规定的范围内自主运用。2005年8月，政府启动了邮政体制改革，包括实现邮政金融业务规范化经营。一是改变邮政储蓄资金全额转存人民银行模式。以2003年8月1日为界，邮政储蓄在人民银行的原有转存款在2005年8月1日前维持现行政策不变，同时邮政储蓄新增存款由邮政储蓄机构自主运用。自2005年8月1日起，邮政储蓄机构在人民银行的原有转存款分5年逐步转出。二是逐步扩大邮政储蓄资金的自主运用范围。2006年12月31日，邮政储蓄从邮政系统中分离出来，成立中国邮政储蓄银行，逐步向全功能微型金融服务机构方向发展。
2007年的全国金融工作会议确定了农业银行“面向‘三农’、整体改制、商业运作、择机上市”的总体改革方向。为提升农村金融市场竞争，2006年底，中国银监会调整和放宽了农村地区银行业金融机构准入政策，允许成立村镇银行、资金互助社、贷款公司及只贷不存的小额贷款公司，试点农业保险等。多样化的农村金融组织形式对满足多样化的金融需求进行了有益的探索。但是，距离全面建立高效竞争的现代农村金融体系还任重道远。
经过一段时间的探索，农村金融体系改革政策逐步成熟，形成了四大工具箱：《国务院办公厅关于金融服务“三农”发展的若干意见》（国办发〔2014〕17号），国务院《推进普惠金融发展规划（2016—2020年）》，人民银行等部门《关于金融助推脱贫攻坚的实施意见》和2016年G20杭州峰会《G20数字普惠金融高级原则》。例如，为了解决农户贷款难的问题，人民银行从1999年开始通过支农再贷款鼓励农信社发放小额信用贷款，至此已经形成一整套结构性货币政策工具。
总的来看，我国渐进式农村金融改革的基本逻辑或特点是以需求为导向，有需求才有改革。在农村乡镇集体企业为主的时代，集体信用居于支配地位，当时的农业银行与农信社在支持乡镇企业的发展过程中曾经发挥了重要的作用。20世纪90年代初期，乡镇集体企业开始改制，私营企业在一些地区出现了突破性的发展，个体信用慢慢地取代集体信用成为农村信用的主要形式。农业银行的商业化改革，信用社与农业银行脱钩，抵押和各种担保条款的引入，以个体信用和农户联保为基础的小额信贷等金融产品的出现，在一定程度上缓解了国有和集体金融体制与个体信用之间的矛盾，农村金融在支持私营企业和个体工商业发展中发挥了积极的作用。
在这一改革过程中，也产生了不少问题。在乡镇企业改制，以及在集体信用向个体信用转型和衔接的过程中，产生了大量不良贷款。随着国有商业银行在市场化改革进程中逐渐退出农村金融市场，以及对农村合作基金会的整顿，农信社成了农村金融市场上的金融服务主力军。大量的资金通过农村的金融机构流出农村地区。就农信社的改革而言，表面的改革没有在根本上触动农村金融机构的微观基础，特别是农信社治理结构虚置的问题一直没有根本改变。