肛瘘由肛周脓肿发展而来，弄清肛周脓肿的病原菌对充分了解肛周脓肿和肛瘘的发生机制也是很重要的。根据肛门腺感染学说，肛门腺的感染是由粪便中的细菌侵入肛门腺引起的，从肠道细菌构成来看，分离出来的细菌应该以类杆菌为多，但结果却以大肠埃希菌为最多，这可能与该细菌的毒力、肛管和肛门腺的解剖学特点有关。并且，脓肿越深，厌氧菌的感染率就越高。